Des milliards de micro-organismes vivent à l’intérieur de chacun de nous, dont la grande majorité sont des bactéries. Ces micro-organismes sont collectivement appelés microbiome.
Bien que la plupart des recherches sur le microbiome se soient concentrées sur les bactéries intestinales, d’autres microbes ont élu domicile dans notre système digestif. Il y a une dizaine d’années, une étude de référence a montré qu’une riche communauté de champignons vit également dans notre microbiome. Appelée mycobiome humain, cette communauté fongique est censée influencer le système immunitaire, la santé métabolique et la santé intestinale de la même manière que les bactéries intestinales.
Une brève histoire de la recherche sur le mycobiome
En 2008, le mycologue médical Mahmoud Ghannoum a remarqué que les recherches sur le microbiome intestinal augmentaient régulièrement. Cependant, il a observé que, dans la plupart des cas, les chercheurs ne s'intéressaient qu'aux bactéries présentes dans l'intestin, et non aux champignons et aux virus qui composent également le microbiome humain. Après avoir réalisé cela, il a pris les rênes et a commencé à étudier les communautés fongiques du corps humain, inventant finalement le terme « mycobiome ».
David Underhill, professeur à l'UCLA, a également été l'un des premiers à s'intéresser au mycobiome. En 2012, Underhill et ses collègues ont publié une étude qui utilisait des outils de séquençage pour établir le profil d'un mycobiome intestinal de base chez la souris. [ * ] En moyenne, ils ont trouvé entre 50 et 60 genres de champignons (le pluriel de genre) dans le tube digestif de chaque rongeur, et de nombreuses espèces au sein de chaque genre.
Dans la même étude, Underhill et son équipe ont découvert que les champignons des mammifères interagissent avec le système immunitaire pour contrôler l’inflammation intestinale. Underhill émet l’hypothèse que les altérations de la population fongique intestinale pourraient contribuer de manière significative à certains cas de maladies inflammatoires chroniques de l’intestin et pourraient ouvrir la voie à de potentielles pistes de traitement.
De nombreuses autres études ont depuis été menées, suggérant que le mycobiome pourrait également jouer un rôle dans d’autres aspects de la santé, notamment le métabolisme.[ * ]
Un domaine d’étude à fort potentiel
La recherche sur le mycobiome humain n’en est qu’à ses débuts. Les chercheurs ont découvert la pointe de l’iceberg, mais il leur reste encore beaucoup à apprendre.
Ghannoum et Underhill s'accordent tous deux à dire que les interactions entre les bactéries, les virus, les champignons et la biologie spécifique de chaque individu influencent notre santé. Ils pensent que comprendre le rôle des champignons dans la santé et la maladie pourrait aider les chercheurs à développer des thérapies plus efficaces.
L'un des obstacles auxquels se heurtent les chercheurs lorsqu'ils étudient le mycobiome est de savoir à quelles espèces de champignons ils ont affaire, car beaucoup d'entre elles n'ont pas encore été classées. Le règne des champignons ressemble à une toile emmêlée, et non à un arbre généalogique bien ramifié, comme celui des bactéries, ce qui rend la classification difficile.
De nombreux mycologues tentent activement de résoudre cette confusion, de construire un système de classification plus précis et de découvrir comment les champignons vivant en nous peuvent être manipulés à notre avantage.
L'essentiel
Parmi les milliards de microbes qui peuplent notre corps, les bactéries sont au cœur de toutes les attentions. Cependant, une nouvelle école de recherche étudie la manière dont les communautés de champignons de notre corps, appelées mycobiome, peuvent influencer notre santé. Il reste encore beaucoup à apprendre, mais des recherches préliminaires suggèrent que les champignons qui vivent en nous peuvent affecter notre santé de nombreuses façons fascinantes.
